Blender udostępnia wiele trybów zaznaczania węzłów modyfikowanego obiektu w trybie edycji (edit mode). Obok rozwijanej listy wyboru trybów znajdują się trzy przyciski przełączające tryb zaznaczania. Dostępny jest tutaj tryb zaznaczania węzłów, krawędzi oraz powierzchni.
Przy zaznaczaniu często też wykorzystywane są następujące skróty klawiaturowe:
Alt + lewy przycisk myszy - po kliknięciu na krawędzie zaznacza wszystkie węzły pojedynczego przekroju kształtu otrzymanego przez jego wyciągnięcie;
Shift - przy zaznaczaniu dodaje węzły do zaznaczenia lub usuwa je, jeżeli były wcześniej zaznaczone;
Ctrl + lewy przycisk myszy - po zaznaczeniu pierwszego węzła a następnie kliknięciu na innym wraz z Ctrl-em zaznacza wszystkie węzły pomiędzy nimi.