Wektory można skalować również w sposób anizotropowy, co oznacza, że dla każdej wypadkowej danego wektora można przypisać inny współczynnik skalowania Sx, Sy oraz Sz. Dany wektor 3W można przeskalować anizotropowo mnożąc go z macierzą diagonalną, której wartości na głównej przekątnej stanowią współczynniki Sx, Sy oraz Sz (w przypadku wektora 3W).
Efektem skalowania anizotropowego jest wydłużenie poszczególnych składowych wektora, a efekt takiego skalowania pokazuje animacja z rysunku 1.
Istnieje możliwość skalowania anizotropowego w dowolnie obranych osiach x', y' oraz z', wystarczy bowiem zastosować macierz kosinusów kierunkowych Mc w następującym zestawieniu z macierzą skalowania anizotropowego Ms: